Quân nhà Trần đại thắng, bắt được hơn 400 chiến thuyền, tướng Đỗ Hành bắt được tướng Nguyên là Tích Lệ Cơ và Ô Mã Nhi dâng lên Thượng hoàng Trần Thánh Tông. Thượng hoàng đã vui vẻ "hậu đãi" những viên bại tướng này.[2] Khoảng hơn 4 vạn tướng sĩ Nguyên Mông đã bị loại ra khỏi vòng chiến[1]. Tướng Nguyên là Phàn Tiếp bị bắt sống, rồi bị bệnh chết, trong khi một bại tướng khác là Phạm Nhan thì đã bị Trần Quốc Tuấn cho trảm quyết.[1] Cánh thủy quân của quân Nguyên hoàn toàn bị tiêu diệt. Chiến thắng vinh quang của quân Đại Việt trong trận sông Bạch Đằng năm 1288 được xem là một trận đánh hủy diệt và thủy chiến lớn nhất trong lịch sử kháng chiến của dân tộc Việt Nam, và cũng được xem là thắng lợi tiêu biểu nhất của quân Đại Việt trong ba cuộc kháng chiến chống quân xâm lược Nguyên-Mông, dẫn đến chấm dứt thắng lợi cho Đại Việt trong cuộc Chiến tranh Nguyên Mông-Đại Việt lần thứ ba.

[1][4]

Mặc dầu về sau này, "Giao Chỉ" hãy còn "ngứa ngáy trong tim Hốt Tất Liệt", đại thắng của Quân đội Đại Việt trong trận sông Bạch Đằng không chỉ hoàn tất mục đích đập vỡ đoàn binh thuyền của Ô Mã Nhi, mà còn hoàn toàn phá vỡ âm mưu xâm lược Đại Việt, và qua đó Đế quốc Mông Cổ không thể nào làm chủ cả Đông Nam Á.[1]